次生磷矿床是指原有的含磷层经物理和化学风化淋滤作用后，所含磷质就地残积、异地迁移或再沉积等富集形成的磷矿床。磷矿床对黄磷，次磷酸，次磷酸钠，磷酸等品质有一定影响。我国次生磷矿蕴藏量不大，现已发现矿床(点)近30个，主要在四川、广西、湖南、云南、贵州、广东、吉林、陕西、江苏和福建，除1处为大型，6处为中型规模外，其余皆为小型矿床或矿点。该类磷矿床大致可分为两种类型。

1.风化淋滤-残积型磷矿床

原含磷层经风化后，其可溶性物质淋滤流失，所含磷质残留富集。含磷品位比原来可提高2~6倍，风化淋滤残积深度受地下水面控制，可达40~50m。吉林古元古代珍珠门含磷铁质角砾状白云石大理岩、含磷铁质白云石角砾岩及含磷白云石大理岩，原岩含P2O5:一般为1%~13%，经风化淋滤后P2O5:可达10%~20%，形成小型磷矿(通化干沟磷矿)。湖南湘潭、长沙上震旦统白云岩和硅质岩，原岩含P2O5 0.2%~4.79%，高者可达10%，经风化淋滤后，P2O5可达19.92%~30%，形成中型(黄荆坪)、小型(麻田)磷矿。广西中、上泥盆统灰岩、白云岩及硅质岩，均含磷质(条纹和条带)，原岩含 P2O5:0.5%~4%，风化淋滤后，矿层含 P2O5 7.12%~15.7%，矿层3%~9%，部分高达7%~10%。局部大于10%~12%的形成中型矿床4处，其余为小型矿床或矿点。以上各风化前的含磷层以震旦寒武统、中泥盆统为主。风化淋滤后，形成规模较大品位较高的中型矿床多处。广西下侏罗纪的石英安山岩和安山质凝灰岩风化形成的黏土状磷块岩，因沿走向、倾向变化较大、品位低，工业价值不大。矿体形态一般多呈似层状透镜状和不规则状。磷矿石矿物主要为胶磷矿、碳磷灰石，次为银星石、磷铝石及氟磷灰石。脉石矿物主要有石英、绢云母、高岭石、方解石、白云石、碳质、铁质、锰质、硅质、岩屑;极少长石、褐铁矿和海绿石等。磷矿石类型有泥质型、硅质型和碳酸盐型3大类型。磷矿石结构有胶状、砂状、砂砾状、交代镶边、残余、压碎和生物碎屑等。构造有块状、角砾状、板状、片状、环带状、皮壳状及条纹、条带状等。

2.风化-再沉积型磷矿床

暴露于地表的磷矿或含磷层，经风化作用，遭受海侵，经海解作用而形成再沉积的磷矿床，该类矿床具有风化与沉积矿床的双重特点，但沉积特征更明显。该类型矿床有重要工业价值，主要分布在四川、云南等省。四川什邡磷矿床为其典型代表。