微生物对工业，农业的危害是无处不在，预防有害微生物的方法多种多样，例如石油开采中，为防止微生物破坏油田管道，防止粘泥堵塞，通常会加入四羟甲基硫酸磷酸杀菌剂，戊二醛等。从本质上看，微生物对工业材料及产品的危害主要是通过4种形式表现出来的。微生物的危害作用机理如下。

1，微生物在生长和降解某些物质时产生的气体（如硫化氢、 甲烷、氨等）、色素（如霉点、色斑）和其他产物（如组胺、脂肪酸等），破坏产品的感官性状和质量，例子有牛奶腐败、涂膜长霉等。水产养殖中防止有害微生物在底部聚集，可加入固体过氧化氢片，单过硫酸氢钾复合盐等氧化剂，可有效改善底部有机质分解产生的有害气体。

2，在微生物大量繁殖时，由于菌体本身的聚集和堆积，形成的异物有的严重影响产品的品质（如霉菌菌丝体在饮用矿泉水中形成的絮状漂浮物或沉淀物），有的会造成工业水管线的障碍（如产生粘性物质形成结垢堵塞管道）。

3，微生物在生长过程因分解材料生成的“废物”或者是本身代谢活动中的分泌产物，很多都能够再和各种材料发生化学反应， 破坏材料的物质结构与功能，起到间接的损害作用。例如，假单胞杆菌在喷气发动机燃料中生长时形成的代谢产物，可以侵蚀铝合金；又例如，微生物在污染了极微量营养物的玻璃上生长后，分泌出的酸类物质使玻璃被腐蚀。

4，微生物的生长和繁衍，必须利用从外界吸收的营养物质， 获得合成自身细胞物质所必需的能量和原料，维持体内的新陈代谢和各种生命活动。然而，像所有其他生物一样，微生物是不能把外 界的营养物质原封不动地直接转变为自身的细胞物质的。其中必须 经历一个复杂的生物降解和生化合成的过程。面对外界各种各样物质（如碳水化合物、蛋白质、脂肪及其他有机化合物），微生物会分泌相应的酶（如纤维素酶、淀粉酶、脱羧酶等），把较大的物质分子分解为小分子可溶性物质（如葡萄糖、氨基酸等），再通过细胞膜的吸收、传递并经一系列的合成代谢，成为自身的各种生命物质。于是、材料在不断被分解、破坏的同时，微生物在不断增殖， 随着微生物数量的增大，又进一步加速了材料的损害。显然，这是一种微生物直接引起的破坏。在食品工业中，蛋白质组分被微生物分解导致的腐败或是碳水化合物和脂肪被微生物分解导致的酸败都属于这种情况。

实际上，微生物危害这4个方面是不可能截然分开的，常常见到的倒是微生物危害多种情况同时发生。但是，就某种具体对象来分析，可以有一方面是主要的。